Ordet Japan är en exonym, på japanska heter landet Nihon eller Nippon (日本), officiellt Nihonkoku eller Nipponkoku (日本国), "Japanska riket". Teckensammansättningen, som ordagrant betyder "solens ursprung", eller som det vanligen tolkas tillsammans med tecknet för land, "Soluppgångens (land)", härstammar från det väster om Japan belägna Kina. Tidigare hade flera namn förekommit.
Det tidiga (700-tal) namnet Yamato (大和 eller 倭) går tillbaka på ett ännu äldre (300-tal) namn kineserna använde om Japan, Wa (倭). Wa var ursprungligen en pejorativ term, "dvärg" (modern kinesiska wō, med betydelsen "kort"). Japan kom senare att skrivas med tecknet för en mer positiv homonym, i dag på kinesiska vanligen uttalad hé (和), och kom så att användas i Japan först om området kring dagens Nara och senare (under Naraperioden) om landet självt tillsammans med tecknet för "stor" (大).
Marco Polo använde i sin bok namnet Cipangu, som troligtvis återger det dåtida (1200-tal) kinesiska uttalet av 日本國, "landet Cipang", på mandarin eller wudialekten. Att det kinesiska uttalet fick genomslag i västvärlden berodde på Ostindiehandeln med Kina. Portugisiska sjöfarare i början av 1500-talet var de första av dessa köpmän som rapporterade tillbaka till Europa om landets existens efter expeditioner till Malaysia och Sydkina.
I Japan var Nippon det vanligaste uttalet fram till andra världskrigets slut, då Nihon började användas allt mer i offentliga sammanhang. Detta bottnade i att Nippon upplevdes som att det lät för hårt och påminde om kriget och den statliga propagandans tal om "Dainippon" (Storjapan). Nippon används dock fortfarande i många officiella sammanhang, på frimärken, allmänt av människor som växte upp innan kriget och vid internationella sportevenemang som exempelvis i hejaramsan Gambatte Nippon, "Heja Japan". Det finns även andra användningstillfällen.
Japan har bebotts av människor i minst 35 000 år. De tidigast daterade kvarlämningarna, verktyg gjorda av sten, härstammar från kring 12 000 f.Kr. Vid den tiden räknar man att Japans yngre stenålder, ofta benämnd med det japanska namnet Jomon, inleddes.
Mycket lite är känt om Japans förhistoriska förflutna, men 11 februari 660 f.Kr. räknas traditionellt som den dag då det japanska kejsardömet grundades. Detta baseras på två japanska delvis historiska, men mestadels mytologiska krönikor Nihonshoki och Kojiki som skrevs i början av 700-talet. Historiker tror dock att den förste japanske kejsaren var Ojin, som kan ha varit verksam under första hälften av 400-talet, även om det råder stor osäkerhet kring hans levnadsår. Japan har sedan dess traditionellt styrts av en kejsare med mandat från de gudar som skapade Japan, även om den verklige regenten inte alltid tillhört kejsarhuset. Under de två shogunaten var kejsaren oftast en marionett för militärregimen.
Under den japanska medeltiden, den period som inleddes 1185 efter att Minamoto-klanen installerat sin ledare Yorimoto som shogun i Kamakura, växte en stark krigarklass fram, samurajerna. Dessa skulle komma att få en stor betydelse i Japans historia. Med start i Ōninkriget 1467, påbörjades en nästan 150 år lång period av inbördeskrig mellan feodalherrar, så kallade daimyoer, och därmed splittring. Perioden kallas Sengoku, "de krigande staterna".
I slutet av 1500-talet ledde Oda Nobunaga landet mot en unifiering, men efter att han blev mördad av en av sina egna generaler år 1582, etablerade Toyotomi Hideyoshi sig som efterföljare och lyckades så småningom konsolidera resten av Japans daimyoer. När Hideyoshi dog 1598 utan att ha utsett en efterföljare, återuppstod inbördeskriget men så småningom framträdde Tokugawa Ieyasu, en daimyo från Mikawa, som återförenare av Japan i och med grundandet av Tokugawashogunatet, som också var startskottet på Edoperioden.
Under Edoperioden slöt sig Japan nästan helt från omvärlden, efter decennier av stort kulturellt utbyte med Korea och Kina. I början av 1800-talen krackelerade shogunatet allt mer. Efter att den amerikanske kommendörkaptenen Perry 1853 slutgiltigt tvingat Japan att öppna sig för handel med utlandet moderniserades Japan i en anmärkningsvärd hastighet. Han anlände i den typ av skepp som kallats de svarta skeppen och som anlände till Japan under 1500-1800-talet. Meijirestaurationen, döpt efter kejsare Meiji (född Mutsuhito), räddade Japan från att utsättas från samma öde som Kina, som blivit utsuget av europeiska och nordamerikanska makter.

Från slutet av 1800-talet och fram till 1945 utvecklades Japan från ett litet isolerat land på Stilla havets rand till det mäktigaste riket i Östasien. Perioden mellan 1894 och 1945 kan betecknas som Japans imperialistiska era och perioden mellan 1921 och 1931 kan betecknas som den tidsperiod då nationalismen/militarismen successivt ökade sitt inflytande i Japan till att mellan 1932 och 1945 helt dominera japansk politik.
År 1894 utbröt första kinesisk-japanska kriget som Japan vann, och i ett fredsavtal 1895 tillerkändes Japan överhöghet över Taiwan (Formosa). Samtidigt avsade sig Kina sina rättigheter i Korea och gav Japan samma exterritoriella rättigheter i Kina som övriga kolonialmakterna hade. Japanska trupper spelade en viktig roll då det så kallade Boxarupproret i Peking slogs ned 1900.
Ryska och japanska expansionsintressen kolliderade i Korea och Manchuriet, och 1904 utbröt det rysk-japanska kriget. Kriget varade till 1905 då Japan förklarades som segrare. Fredsvillkoren innebar att Ryssland erkände att Korea ingick i Japans intressesfär och att Ryssland skulle evakuera sina styrkor från Manchuriet. Japan fick även kontroll över Port Arthurs flottbas i Kina och territorium bestående av den södra halvan av Sachalin. Den ryska militärens bitterhet över förlusten mot Japan bidrog även till 1905 års ryska revolutionen som också lade grunden för den andra mer kände ryska revolutionen tolv år senare. År 1910 annekterade Japan hela den koreanska halvön, och Japan garanterades genom avtal med Ryssland särskilda rättigheter i Manchuriet.
Japan, som 1902 ingått en militär allians med Storbritannien, gick in i första världskriget på Ententens sida. Den japanska armén ockuperade den tyska kolonin Qingdao i Kina. Under första världskriget befäste Japan sin position som stormakt och striderna som i huvudsak bekämpades mot tyska intressen i Asien, innefattade världens första flyganfall från hangarfartyg. Japanska flottan bistod även Storbritannien och skickade krigsfartyg till Sydafrika och Malta. Japans deltagande i första världskriget resulterade i att Tysklands rättigheter i Shandongprovinsen överfördes till Japan (se Versaillesfreden 28 juni 1919). Vidare annekterade Japan Tysklands mandat över ett antal öar i Stilla havet.
Japan lyckades dock inte att i Versaillesfördraget och vid fredskonferensen i Paris (1919) inför inrättandet av Nationernas Förbund, få in sitt förslag om en klausul om jämbördighet mellan raser delvis på grund av brittiskt och amerikanskt motstånd. Rapporterna från japansk media som följde konferensen bidrog till att den japanska folkliga opinionen gentemot väst, och USA i synnerhet, försämrades. Misslyckandet medförde även att japansk politik alltmer frångick samarbetspolitik med väst och alltmer inriktades mot nationalism. Relationen med Storbritannien försämrades också markant och den anglo-japanska alliansen upphörde under 1920-talet.
Under perioden mellan 1920 och 1936 ökade militären successivt sitt inflytande i japansk politik på bekostnad av de demokratiska krafterna i landet. 1922 grundades det japanska kommunistpartiet med målen att utplåna de feodala elementen som kvarstog, avveckla monarkin, erkänna Sovjetunionen som stat och återkalla japanska trupper från Sibirien, Sachalin, Kina, Korea och Taiwan. Kommunistpartier förföljdes brutalt. Radikaler svarade med ett mordförsök på kejsararvingen Hirohito i november 1923 som överlevde och blev kejsare (Showa) den 25 december 1926.
År 1925 liberaliserades rösträtten, 1928 fick alla män allmän rösträtt i Japan och 1945 infördes allmän rösträtt för kvinnor. Förföljelsen av kommunister fortsatte dock. I spåren av den stora depressionen radikaliserades japansk politik alltmer med kuppförsök och politiska mordförsök genomförda av högerextrema grupper av radikala militära officerare. Det definitiva slutet för den japanska demokratirörelsen kom 15 maj 1932 då en grupp unga högerextrema militära officerare mördade premiärministern Inukai Tsuyoshi. Den japanska armén, flottan och flygvapnet fick alltmer makt och självständiga roller.

September 1931 inträffade den manchuriska incidenten (även kallad Mukdenincidenten). En bomb exploderade japansk järnväg i norra Kina. Detta användes av Japan för att rättfärdiga sin invasion av Kina. En sannolik möjlighet att en grupp yngre japanska officerare genomförde sabotaget varefter skulden lades på Kina eftersom explosionen skedde cirka 800 meter från en kinesisk garnison. Japan hade alltsedan rysk-japanska kriget starka ekonomiska intressen i Manchuriet. Incidenten ledde till att Japan etablerade marionettstaten Manchukuo. Japan lyckades övertyga den tidigare kinesiska kejsaren Puyi som avsattes i Xinhairevolutionen att agera som officiell statschef för landet. I praktiken var det dock Tokyo som styrde.
Kina, som var försvagat av interna oroligheter, valde att inte gå i konfrontation med Japan trots landets de-facto annektering av Manchuriet. En av anledningarna till detta var på grund av det pågående kinesiska inbördeskriget mellan centralregeringen i Nanjing under ledning av nationalisten Chaing Kai-shek och Mao Zedongs kommunistiska gerillatrupper. I stället vände sig Kinas representanter till Nationernas Förbund varpå en resolution följde om att Japan skulle återdra alla sina styrkor från Manchuriet. Japan vägrade, och lämnade Nationernas Förbund i protest mars 1933. År 1937 påbörjades officiellt andra kinesisk-japanska kriget i och med att den japanska armén gick söder ut med mål att erövra ytterligare landområden inom Kina,
I november 1936 gick Japan med i en antisovjetisk pakt, Antikominternpakten med den tidigare rivalen Tyskland. Året efter anslöt sig Italien till pakten. Detta var början på det militära samarbetet som skulle bli centralt under andra världskriget.
Detta brutala krig som skedde på kinesisk mark resulterade otaliga civila offer. Japan erövrande den dåvarande kinesiska huvudstaden Nanjing i december 1937 och genomförde en massaker invånarna i staden. Delar av det japanska samhället idag förnekar fortfarande att händelsen fortsätter att vara en känslig punkt i relationen mellan Kina och Japan än idag då en bred opinion i bland annat Folkrepubliken Kina att Japan ännu ej tillräckligt bett om ursäkt för kriget (se även Yasukuni Jinja). Situationen för Kina blev så allvarlig att de stridande parterna i det kinesiska inbördeskriget ingick i en enad front mot Japan. Formellt krig mellan Kina och Japan utropades dock inte förrän Japans attack på den amerikanska militärbasen Pearl Harbor år 1941.
USA, som hade en stark närvaro i Stilla Havet via bland annat Filippinerna som under den tiden var under amerikanskt beskydd, oroade sig över det Imperiets expansion. Washington stöttade sedan 1931 de de kinesiska nationella styrkorna och inledde en handelsblockad mot landet, vilket orsakade en landsomspännande oljebrist. Flottan som var något av Japans stolthet under den här tiden, var beroende av oljan och krigsregeringen såg sig tvungen att agera. Man bestämde sig för en överraskningsattack mot den amerikanska flottbasen Pearl Harbor och ett flertal andra mål för att i ett slag försöka krossa den amerikanska stillahavsflottan och därmed kunna vinna en snabb seger. Först såg det ut som att strategin lyckats, men med tiden blev det allt mer tydligt att man väckt "en sovande jätte", och sakta blev japanerna tillbakatryckta och av sitt territorium förlorade de ö efter ö.
Istället för att genomföra en invasion av den japanska arkipelagen, ville den nyligen tillsatta president Truman pröva sitt hemliga vapen, atombomben. Redan på våren 1945, var den japanska krigsmakten i stort sett redan slagen, och när brandbomberna över Tokyo föll, fanns inte längre något japanskt flygvapen som kunde försvara städerna. Trots detta fortsatte kriget. Atombomberna över Hiroshima den 6 augusti 1945 och Nagasaki tre dagar senare framkallade den japanska kapitulationen den 15 augusti. (Se vidare Japan under andra världskriget ). Huruvida bombningarna var nödvändigt för att få slut på krig fortsätter att debatteras av politiker, historiker och militärexperter än idag.
Efter att ha besegrats i andra världskriget ockuperades landet av USA fram till 1952, och när Japan återfått sin självständighet ingicks en formell militärallians mellan USA och Japan. Efter ockupationens avslutande genomförde Japan en anmärkningsvärd ekonomisk återhämtning. USA återlämnade Ryukyuöarna 1972, men har fortfarande en stor militär närvaro i hela Japan. Sovjetunionen erövrade Kurilöarna under kriget och dessa är fortfarande en del av Ryssland. Japan har även en territoriell dispyt med Sydkorea gällande Liancourtöarna
1989 tillträdde Akihito som landets kejsare och med detta börjar Heiseiperioden. År 2003 beslutade Japan att skicka trupper till Irak, vilket är den första militära handling som Japan genomfört sedan det förbjöds i grundlagen av den amerikanska ockupationsmakten.
Den naturkatastrof som drabbade Japan i mars 2011 (se Jordbävningen vid Tōhoku 2011) fick svåra konsekvenser (se Fukushima-olyckan) och krävde omkring 20 000 människoliv. Skalvet, vars epicentrum låg i Stilla havet omkring 40 mil nordost om Tokyo, uppmättes till 9,0 på Richterskalan. Det följdes av en 10–20 meter hög tsunamivåg som drog in över de norra delarna av landets östkust, i regionen Tohoku på huvudön Honshu.
2019 abdikerade Akihito och hans son Naruhito tillträdde som Japans kejsare.
Under 1950-talet höll den amerikanske professorn Edwards Deming föreläsningar i Japan om hur landet skulle kunna utveckla etiketten Made in Japan som ett kännetecken på japansk kvalitet. Japanerna tog till sig rekommendationerna och efter bara några år hade de fått landets utlandsaffärer att blomstra. Till minne av Deming instiftade det japanska vetenskaps- och ingenjörssamfundet Demingpriset som varje år delas ut till de personer eller företag som kan visa upp de största förbättringarna inom kvalitetskontroll.[27]
Under perioden från andra världskriget fram till 1980-talets slut växte den japanska ekonomin mycket snabbt. Från att ha varit i stort sett totalförstörd av kriget, återuppbyggdes Japans industri i rekordfart med hjälp av USA, och landet blev från 1960-talet till slutet av 1980-talet hela världens ekonomiska lokomotiv. I synnerhet inom områdena elektronik och bilindustri kom Japan att inta en världsledande position.
Den snabba tillväxten var dock behäftad med en rad problem, då den till stor del baserat sig på tillverkningsindustri med hög produktivitetsnivå och avancerad teknologi. Dessa konkurrensfördelar blev till nackdelar i början av 1990-talet då industriella frizoner började upprättas runt om i asiatiska länder där lönerna, på grund av den redan låga levnadsstandarden, var en bråkdel av vad de varit i Japan.
Exploateringsgraden i den japanska industrin var under denna period känd för att vara mycket hård. Jämfört med övriga industriländer var lönerna låga och de sociala skyddsnäten svaga. En stor del av Japans nuvarande problem med en åldrande och krympande befolkning sägs vara ett resultat av att de hårda arbetsvillkoren gjorde det svårt att få tid och råd till att skaffa barn.
Det japanska banksystemet hade dessutom under många år lånat ut pengar med dålig säkerhet, och under 1990-talet kom en bankkris som slog mycket hårt mot den japanska ekonomin.
Japan är världens nominellt största ekonomi efter USA, men världens tredje största ekonomi om man räknar PPP, då också efter Kina. Japans ekonomiska situation är i dagsläget relativt svag men dock stabil. Man har ännu inte återhämtat sig från den ekonomiska kollapsen inom bank- och byggsfären i början av 1990-talet. Landet försöker öka de utländska investeringarna och förenkla byråkratin för att få fart på tillväxten. De japanska storföretagen visar goda vinster medan de små- och medelstora fortfarande har problem. Köpkraften hos konsumenterna är stark men japanerna har visat sig vara ovilliga att börja handla eftersom det fortfarande finns en stor oro inför ett nytt ras.
Japan har världens näst största statsskuld som i september 2012 uppgick till 12,4 biljoner USA-dollar.[28]

Som arbetskraft anses japanerna vara ytterst lojala mot sina arbetsgivare, det är inte ovanligt att man stannar hos samma arbetsgivare under hela sitt yrkesliv. Det är också vanligt med mycket övertidsarbete och kort semester.
2017 kom 39 procent av Japans energi ifrån petroleum, 25 procent från kol, 23 procent från naturgas, 3,5 procent från vattenkraft och 1,5 procent från kärnkraft. Användningen av kärnkraft hade alltså minskat sedan 2010 då 11,2 procent av energin var från kärnkraft.[29] I maj 2012 togs alla kärnkraftverk i Japan ur bruk på grund av Fukushima-olyckan i mars 2011. Regeringstjänstemän hade dock åsikten att i alla fall några kunde tas i bruk igen.[30] Sendai kärnkraftverk startade återigen upp 2015[31] och efter dess har även flera andra kärnkraftverk åter tagits i bruk.[32] Japan saknar inhemska reserver och mycket av energin som används är importerad energi.[33] På grund av detta har landet haft som mål att försöka få till mer energi från egna källor och mindre importerad energi.[34]
Industrin i Japan ses som att vara en av världens effektivaste och som givit mest vinst. Exemplen på framgångsrika företag är många inom till exempel elektronik- och fordonsindustrin. Dessa framgångar är resultatet av ett ständigt arbete med att förbättra kvaliteten och höja produktionstakten. Ett exempel är då de japanska motorcykeltillverkarna på några få år under 1960-talet konkurrerade de ut de anrika engelska märkena. De produkter man sålde var helt enkelt av högre kvalitet och hade ett lägre pris.
Japan är starkt beroende av import för sin råvarutillförsel. Landet importerar stora mängder olja och naturgas ifrån Persiska viken och är även den största uppköparen av kol ifrån Australien. Japan producerar dessutom bara 40 procent av livsmedlen inom landet, resten importeras.

Japan har investerat mycket inom transport.[35] Landet har ungefär 1 200 000 kilometer vägar som utgörs av 1 000 000 kilometer i städer och byar, 130 000 kilometer genom prefekturella vägar, 54 736 kilometer genom nationella motorvägar och 7 641 genom expressvägar.[36]
Höghastighetståget Shinkansen är känt för sin säkerhet och punktlighet.[37]
2013 fanns det 175 flygplatser i Japan.[38] Den största av dessa, Tokyo-Hanedas internationella flygplats, var Asiens näst mest trafikerade flygplats under 2019.[39]
Ansvaret för vatten- och sanitetssektorn delas mellan tre ministerier: Ministeriet för hälsa, arbete och välfärd som ansvarar för vattenförsörjningen för hushållsbruk, ministeriet för mark, infrastruktur, transport och turism, som ansvarar för utveckling av vattenresurser samt sanitet miljöministeriet, som ansvarar för den vattenkvaliteten och miljöskydd och ministeriet för inrikes frågor och kommunikation, som ansvarar för prestanda.[40]
I Japan har utbildning länge spelat en viktig roll i samhället. Redan 1872 infördes obligatorisk skolgång, som ett led i moderniseringssträvandet som kom i och med meijirestaurationen. I stort sett hela befolkningen förmodas ha varit läskunnig redan vid 1900-talets början. En demokratisering av skolan inleddes efter andra världskriget, under den amerikanska ockupationen av Japan. Det system med 6 + 3 år av obligatorisk utbildning följt av 3 + 4 år av frivillig utbildning som etablerades då gäller än i dag.

Den obligatoriska skolgången består av sex år shōgakkō (motsvarande svenskt låg- och mellanstadium) och tre år chūgakkō ("mellanskola", motsvarande svenskt högstadium). Efter detta följer tre års frivillig, avgiftsbelagd fortsättningsskola, kōkō (motsvarande gymnasiet) dit så många som 96 procent av japanerna fortsätter. Omkring 30 procent fortsätter därefter till den vanligtvis fyra år långa högre utbildningen och ett av Japans 580 olika daigaku (universitet) eller ett av 660 yrkesinriktade högskolor med kortare (oftast två till tre år) utbildning, tankidaigaku (ungefärlig översättning, korttidsuniversitet). Burakumin går sällan på universitet. Intagning sker generellt med att man gör ett antagningsprov till varje enskilt universitet man är intresserad av, och först sedan efter att man blivit antagen och valt universitet kan välja vad det är för ämnen man vill studera. Skoluniform är obligatoriskt fram till universitet.
Japanska skolor är omtalade i västvärlden för att de ska ha en jämförelsevis hård disciplin. En japansk skolungdom går i skolan hela 243 dagar om året[41] till skillnad från en svensk som går 180. Det är också så att många tvingas gå i så kallad juku, extraskola,[41] och att japanska elever trots oftast större klasser klarar sig bra i internationella kunskapsjämförelser.