Den 10 juli var alla förberedelser klara och galärflottan lättade ankar. Den bestod av bortåt 30 linjeskepp, omkring 140 galärer, en mängd transportfartyg och skärbåtar med bortåt 40 000 man ombord.[3] Den 11 juli nådde flottan Söderarms skärgård och Kapellskär där den delade upp sig i två avdelningar, en nordlig och en sydlig.
Den södra avdelningen under Feodor Apraxin drog sig långsamt söderöver genom Stockholms skärgård under det att Yxlan, Blidö, Ljusterö, Norröra, Söderöra och Rödlöga brändes och plundrades. Vid Svartlöga lyckades de inte landstiga då de utsattes för träffsäker eldgivning från lokala säljägare. Möjligen bidrog även den grunda farleden in till Svartlöga som gjorde det svårt.[30]
Vågen av plundringar fortsatte söderut via Husarö, Östra Lagnö, Ingmarsö, Svartsö, Möja, Harö, Eknö och Sandhamn. Vid Vårholma gjorde man ett uppehåll för att utröna ifall ett anfall mot Fredriksborg och Vaxholms fästning var möjliga. Apraxin valde att inte anfalla utan fortsatte i stället vidare söderut och brände Djurö, Runmarö samt herrgårdarna Brevik och Fågelbro.
Den 15 juli nådde Apraxins avdelning det första militära motståndet vid Dalarö skans. Istället för att anfalla fästningen valde han att göra en framstöt mot Stockholm via Baggensstäket. Den 16 juli anföll en mindre styrka på cirka 500 kosacker och infanteri de svenska ställningarna vid Baggensstäket. De fann emellertid sundet spärrat av de tre svenska galärerna Svärdfisken, Jungfrun och Draken samt kanonpråmen Svarta Björn. Anfallet slogs tillbaka, men ryssarna lyckades bränna Boo och Beatelunds herrgårdar.[31]
Den ryska flottan fortsatte mot Gålö, Ornö, Muskö och den ekonomiskt viktiga järngruvan på Utö där man förstörde bergverken, kastade ned varpsten i gruvhålen som vattenfylldes och tippade malmlagret i sjön. Den 21 juli nådde de fram till Södertälje. Försvaret söder om Stockholm hade anförtrotts Krzysztof Urbanowicz, som med omkring 500 dragoner fick till uppgift att hindra ryssarna att den här vägen rycka fram mot Stockholm. Ryttmästaren Leclair anföll på morgonen en mindre trupp om ett 80-tal kosacker som landstigit i närheten av Hörningsholm och drev dem på flykten. Kort därefter höll kapten Paco Hårleman på att rida i armarna på huvudavdelningen av den ryska truppen om 3000 till 4000 man som höll på att landstiga vid Igelstaviken. Urbanowicz beslutade sig för att dra tillbaka trupperna söder om Södertälje till en position på Rosenborgsgärdet öster om Södertälje där hans dragoner fick större spelrum för att försvara sig. Samtidigt fick Carl Gustaf Bielke order att med 400 man ur Upplands tremänningsregemente täcka reträtten. Borgarna i Södertälje skall ha försökt övertala Bielkes trupper att stanna och slåss, och menat att ryssarna var färre än de var, men förgäves. Då Urbanowicz drog sig tillbaka valde också huvuddelen av stadens innevånare att fly. Ryssarna fortsatte sin framryckning mot staden och gjorde front mot dragonerna på Rosenborgsgärdet. Urbanowicz lät Bielke med sina trupper dra sig österut längs Rosenbergsrännilen, och ryssarna som befarade att enheten skulle riskera att kringgå dem och skära av deras reträttväg till galärerna drog sig tillbaka mot sin fartyg. De satte dock först eld på staden, och därmed hade de uppnått sitt huvudmål.[32]
Galärflottan fortsatte därefter till Trosa där den styrka som avsatts för att försvara staden dragits upp till Södertälje, och ryssarna kunde obehindrat bränna staden. Prosten i Hölö socken lyckades dock genom att uppbåda allmogen att med skrammel och trummande få ryssarna att avstå från landstigning av rädsla för att det fanns trupper i området.
24 juli var de ryska galärerna framme vid Nyköping. Samma dag anlände även Krzysztof Urbanowicz som tidigare deltagit i försvaret av Södertälje.
Ryssarna seglade in genom Skanssundet och steg iland vid Brandholmen. Här besköts man dock av kanoneld från Nyköpingshus, och valde att embarkera sig igen, och styrde över fjärden till Branthäll, där man på nytt steg iland.
Man fortsatte därefter åt nordväst längs Nävekvarnsvägen till Ryssbergen (uppkallade efter händelsen), där man satte upp sitt artilleri. Härifrån besköts Nyköping, men avståndet på tre kilometer gjorde att effekten blev liten.
Man fortsatte därför åt nordväst till Kungsbron. Här fanns en trupp svenska bönder posterade, som flydde då ryssarna närmade sig. Man hann dock sätta eld på bron. Det fick dock liten betydelse då ryssarna istället vadade över Kilaån strax nedströms bron. Paniken började nu sprida sig bland de uppbådade bönderna och många flydde hem.
Johan Löth-Örnsköld som hade 80 soldater fattat post vid Jägarehållet, där de avvisade ett ryskt anfall. Han märkte snart att ryssarna inte var särskilt benägna att ge sig in i strid, och de drog istället ned mot söder längs Idbäcken, mot Nyköpings centrum. I fortsatta mindre strider stupade ett tiotal svenska soldater. Löth-Örnsköld kunde snart rapportera att ryska soldater nu även landsatts i Nyköpings hamn.
Urbanowicz saknade nästan helt trupper. Norr om Nyköping fanns ett folkuppbåd av allmoge från Södermanland lett av Göran Rosenhane, huvudsakligen beväpnade med liar och högafflar. De började dock nu att knorra, och många deserterade. Många var också upprörda över att nästan inga ur kronobetjäningen anslutit sig till uppbådet. Enda undantaget var den tyskfödde länsmannen Gerhard Hinsing.
På morgonen 25 juli upplöstes uppbådet. Samtidigt ryckte de ryska fram mot Urbanowicz positioner. Man genomförde ett plötsligt motanfall, och lyckades driva de ryska trupperna på flykten. Överste Hamilton förföljde dem ned mot Nyköpings hamnområde, men hade för få mannar för att kunna göra något mer.
På kvällen satte ryssarna eld på staden, utan att de svenska trupperna kunde göra något. De embarkerade därefter åter och fortsatte söderut.
Man seglade in i Bråviken där man brände byar, gårdar och herresäten längs vägen, och upp längs Motala ström och hotade nu Norrköping.
Norrköping försvarades av omkring 1.000 bönder huvudsakligen beväpnade med hötjugor och liar och med begränsat stridsvärde, borgargardet på omkring 500 man och en trupp under Urbanowicz som nu kommit på omkring 800 man, soldater ur Upplands regemente och tyska dragoner. Urbanowicz ville bränna staden för att hindra att de spannmålsförråd som fanns i staden föll i ryska händer men det motsatte sig stadens borgmästare Jacob Ekbohm, som menade att man borde försvara staden.[33]
De ryska galärerna anlände morgonen 30 juli utanför Norrköping. Man avancerade långsamt mot staden, som saknade försvarsbefästningar. Man landsteg vid Saltängen, som snart sattes i brand. Vid Himmelstalund möttes ryssarna av ett bondeuppbåd som efter en kort strid retirerade över Motala ström och brände bron efter sig. Samtidigt gick andra ryska avdelningar norrut och brände Östra Eneby och Ringstad gård fram till Kolmården.
En trupp om 100 man under överste Baumgartner vid Kvillinge kyrka hindrade dock ryssarna att fortsätta mot Finspång.
Man tog sig även fram till Nävekvarns styckebruk där man erövrade 300 kanoner som lastades ombord på galärerna.
På kvällen lyckades ryssarna sätta eld på några byggnader i Norrköping. Elden spred sig snabbt, och snart stod staden i lågor. Efter några misslyckade försök lyckades ryssarna 31 juli ta sig in i staden, som nu dock redan brunnit ned till grunden så när som på 3-4 gårdar vid Västertull. Man lyckades dock lägga beslag på ett flertal handelsfartyg, bland annat ett lastat med koppar. 1 augusti gjorde Urbanowicz ett försök att ta tillbaka staden, men slogs tillbaka av tusentals ryska soldater. Efter att ha retirerat till Borgs socken gick de i ställning där och hindrade ryssarna att fortsätta förföljandet mot Linköping.
Urbanowicz fick 2 augusti kontakt med Baumgartners lilla trupp och gjorde ett nytt försök att slå sig fram till Norrköping, men misslyckades. 3 augusti gjorde ryssarna ett nytt anfall mot Borgs socken i syfte att ta sig fram mot Linköping, men misslyckades på nytt. På eftermiddagen klev de ombord på galärerna och avseglade.[34]
I Norrköpingstrakten som på många andra håll spreds tsarens "fredsmanifest". Krigströttheten var här mycket utbredd, och på Vikbolandet hölls ett allmogemöte, där man beslutade sig för att underkasta sig tsaren mot att deras gårdar förskonades mot brand. En skrivelse författades och delegater för överlämnandet utsågs. Man anlände med den just som den ryska flottan höll på att avsegla. Bönderna signalerade till flottan med en vit flagga, men uppmärksammades av svenska dragoner som omringade dem. Fyra bönder sköts ihjäl på stället. Bonden Sven Tomta kom att dömas till stegling och avrättades på Syltenberget och all hans egendom indrogs till kronan. Flera andra kom undan med lindrigare straff. En länsman, som satt både sitt eget och Kuddby sockenbors namn under den skrivelse som bönderna skulle överlämna till den ryske befälhavaren, dömdes till "nio gatulopp genom tre hundra man". Liknande straff drabbade andra personer som tagit ledningen av det landsförrädiska företaget. Ur den stora hopen som låtit leda sig av andra skulle ett visst antal personer från var socken utlottas och straffas med gatlopp. Men om lotten föll på någon som var över femtio år skulle denne i stället få sona sitt brott med åtta eller fjorton dagars fängelse vid vatten och bröd. Böndernas tilltag visade sig vara frukten av ett manifest från tsar Peter som delats ut bland traktens allmoge. I manifestet utlovades en mild behandling av dem som underkastade sig tsaren och svor honom trohetsed, medan de motspänstiga hotades med hårt straff.[35][36]
Den 4 augusti avseglade flottan åter och styrde tillbaka norrut mot Stockholms skärgård.